Naczelny Sąd Administracyjny (dalej: ,,NSA”) wydał w dniu 4.06.2025 r. bardzo ważny dla  firm działających w specjalnych strefach ekonomicznych wyrok w sprawie kwalifikacji przychodów z odszkodowania oraz kosztów składek ubezpieczeniowych (sygn. II FSK 707/22).

NSA uznał, że pomiędzy uzyskanym odszkodowaniem a działalnością strefową spółki występuje tego rodzaju związek, który pozwala na uwzględnienie omawianego przychodu (odszkodowania) w kalkulacji dochodu zwolnionego z podatku dochodowego od osób prawnych, zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34 updop. Co równie istotne, zdaniem NSA powyższe rozważania mają uniwersalny charakter. Dotyczą bowiem dofinansowań do wynagrodzeń oraz innych przychodów (w tym uzyskanych odszkodowań) wraz z kosztami ich uzyskania, bezpośrednio i funkcjonalnie związanych z działalnością gospodarczą prowadzoną na terenie SSE, zgodnie z decyzją o wsparciu. W konsekwencji, NSA uchylił w całości niekorzystny dla spółki wyrok sądu I instancji, tj. wyrok WSA w Krakowie z dnia 27.07.2021 r. (sygn. I SA/Kr 848/21), oraz poprzedzającą go interpretację indywidualną wydaną przez Dyrektora KIS w dniu 26.04.2021 r.